A bélflórát alkotó törzsek és fajok feladata a bélrendszer optimális működésének, ezáltal pedig az immunrendszer, és a szervezet endokrinológiai egyensúlyának fenntartása. A különböző élettani hatások, mint például a nem megfelelő étrend, a stresszes, mozgásszegény életmód, vagy bizonyos gyógyszerek könnyen felboríthatják ezt a finom egyensúlyt, amely gyulladásos folyamatokhoz vezethet. Az eltolódott bélflóra számos megbetegedés kialakulásának kockázatát megnöveli, mint például az irritábilis bél szindróma, gyulladásos bélbetegségek, elhízás, cukorbetegség, pajzsmirigybetegség vagy a kardiovaszkuláris betegségek.