Az ételintolerancia hátterében az emésztőrendszer működési zavara áll és számos tünet formájában jelentkezhet. Leggyakoribbak a tápcsatorna zavarai, mint hasmenés, székrekedés, haspuffadás, hasi görcsök, hasi fájdalom, bélgyulladás, de jelentkezhet központi idegrendszeri panaszok – például álmatlanság vagy krónikus fejfájás –, bőrproblémák – például ekcéma vagy pattanás –, de akár ízületi gyulladás vagy krónikus hörghurut is.